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冯玉祥为什么要屠灭少林寺呢？原因因很简单，因为少林寺的主持妙兴为了保护少林寺，并且保护一方平安，投靠了吴佩孚，做了团长。
民国十五年（1926年）七月，广州革命军开始北伐。九月，冯玉祥（1882～1948年）宣布脱离北洋军阀，参加国民革命。吴佩孚联合张作霖（1875～1928年）攻打冯玉祥，被北伐军击败。
次年（1927年）春，冯玉祥占领西安，配合北伐军合攻河南。二月，妙兴所率第一团奉命开往郑州，又调往舞阳。三月六日，在与任应岐部交战中，妙兴阵亡，年仅三十七岁。六月，遗体由弟子体信运回少林寺，葬于寺东北山坡上。
民国十七(1928年)年三月，妙兴的上级樊钟秀乘冯玉祥的国民军后方空虚，夺占了巩县及偃师县，但不久被冯部将领石友三夺回。樊钟秀南撤，转攻登封县城，其司令部即设在少林寺内。
石友三部向南追击，至辗辕关（十八盘），少林寺僧助樊狙击，终不敌而溃。200多僧众也几乎被杀尽。
三月十五日，石友三追至少林寺，遂纵火焚法堂。次日，驻防登封的国民军（冯玉祥部）旅长苏明启，命军士抬煤油到寺中，将天王殿、大雄殿、紧那罗殿、六祖殿、阎王殿、龙王殿、钟鼓楼、香积厨、库房、东西禅堂、御座房等处，尽付一炬，以泄其愤。至此，千载少林寺的历史建筑尽毁。
此后的少林寺当家和尚淳朴（巩县回郭镇人）、贞绪（1893～1955，巩县鲁庄乡南村人，俗姓李）等人，只在维系山门而已。1982年以后，少林寺进行了大规模修复重建，现已形成以山门、天王殿、大雄殿、藏经阁、方丈室、立雪亭、西方圣人殿为主题的嵩山少林建筑群。
资料记载，1927年，冯玉祥在河南废寺逐僧，将大相国寺改成市场。并发动全省毁佛运动，所有比丘、比丘尼一律驱逐。所有寺产没收，寺院改为学校，或作救济院、图书馆，或成为娱乐场所。继河南之后，直、鲁、秦等地，也都纷纷效仿，华北佛教因此几乎衰绝。
这里撷取的一组少林寺的照片是公元1920年一个日本人在少林寺拍摄的。这组照片十分珍贵，是清末民初时期少林寺的真实影像。由于在1928年少林寺被冯玉祥部将石友三焚毁了，后人基本没见过1928年之前的少林寺是什么模样。现在这组照片原版可能收藏在日本京都达摩寺。
少林寺中韦驮像
少林寺大雄宝殿内行列道具
少林寺干隆皇帝御碑亭
少林寺法堂内佛像及达摩祖师像、面壁石
少林寺千佛殿
少林寺千佛殿内达摩祖师像
少林寺千佛殿内石佛
少林寺天王殿
少林寺鼓楼
少林寺钟楼
少林寺紧那罗殿内石佛
少林寺紧那罗殿内紧那罗王
少林寺面壁洞前石坊
少林寺初祖庵面壁庵
少林寺面壁洞
少林寺初祖庵大殿
大雄宝殿前护卫寺院的少林寺卫兵
少林寺外墙门
康熙皇帝御笔书写的“少林寺”匾额
少林寺大雄宝殿正门
少林寺山门
少林寺大雄宝殿内柱础
少林寺法堂
少林寺法堂内经库
